在環保運動方面，公民投票是在於落實草根民主和保障人民的環境權。公投是人民參與社區建設發展的決策與監督的一種方法，也是解決重大爭議的最佳方法。相對於全國性的政治議題，社區性的環保議題較容易實施公民投票。在公民投票制度尚不完備的情況下，因為興建五輕的環保爭議，高雄市後勁地區在1990年5月6日首次舉辦公民投票，使公民投票制度跨過理念宣傳的階段，進入實踐的階段。接著，在台灣環境保護聯盟的推動下，台北縣和台北市政府分別在1994年和1996年舉辦了核四公投。環保聯盟和核四公投促進會近年來繼續推動全國性的核四公投，以期解決核四的爭議。

時　　間：1990年5月6日

結　　果：投票率：66.4%；堅決反對：4499（60.8%）；同意協商：2900（39.2%）

中油擬在高雄煉油總廠興建第五輕油裂解廠，緊鄰煉油廠的後勁地區，長期遭受煉油廠污染和意外災害荼毒的民眾於1987年7月發起抗議活動，並圍堵煉油廠西門；8月，「後勁反五輕自立救濟委員會」成立，展開長達三年的反五輕運動。反五輕運動在當時成為全國矚目的焦點，中油長期以來所造成的環境污染和後勁居民的痛苦被暴露了出來。

反五輕運動也匯集了當時環保人士的力量，並吸引大批大學生的關注。反五輕運動也凝聚了社區人民的共同意識，於1989年底產生了一位立法委員一黃天生。

儘管如此，中央政府興建五輕的決策並未改變，在環保署通過了環境影響評估，中油完成了一些污染防治工程後，經濟部表示將於1990年動工興建。在這種情勢下，自救會提出公民投票決定五輕興建與否的訴求，但行政機關不願配合。後來，政府認為「敦親睦鄰」工作頗有成效，對公投頗有勝算，乃改變態度，默許公投的舉辦。自救會於1990年4月11日宣布將舉辦五輕公投。楠梓區公所配合提供投票人名冊，派出投票所工作人員。5月6日，台灣史上第一次的公民投票順利舉行。投票率66%，堅決反對者佔61%。此結果出乎中油的意料之外，於是乎，政府官員強調：公投沒有法源，投票結果不會影響興建五輕的既定政策。

時　　間：1994年5月22日

結　　果：投票率58%；不同意者96%

台電擬在台北縣貢寮鄉興建核四廠，此案在1985年經立委連署反對，雖然暫緩興建，預算也在次年被凍結，但政府仍致力於核四之宣傳，企圖消除人民的反對。不過，在反核人士和環保團體，尤其是台灣環境保護聯盟的努力下，反核的理念慢慢擴散，反核的力量逐漸成長。

1988年3月，貢寮鄉民成立「鹽寮反核自救會」，成為反核運動的草根群眾組織。1989年，支持反核四的尤清當選台北縣長，對反核運動是一大鼓舞。但1990年郝柏村出任行政院長後，便積極推動核四興建。1991年 9月，原子能委員會通過核四環境影響評估報告書；1992年2月，行政院同意核四復工；1992年6月，核四預算解凍。對應於行政當局的強勢推動，反核團體除了加強立法院的遊說工作外，也提出核四公投的訴求。

1994年5月22日，貢寮鄉公所在台北縣政府的支持下，舉辦了核四興建案的公民投票。這是台灣史上首次由政府舉辦的公民投票，因此引起社會各界的矚目，也引發了什麼議題可以公投、參與投票的區域範圍、公民投票的效力等諸多討論。鄉公所按照選舉的辦法，事先舉辦公辦政見會、印製選舉公報；由於中央政府反對公投，所以台電未派員參加政見會，亦不提供興建核四的理由以供刊登。投票當日，環保團體和關心的立委組成觀察團到貢寮鄉視察投票情形。投票結果，投票率58%，不同意興建核四者高達96%。中央政府和台電對此結果的反應，還是標準的說法：公投沒有法源依據，核四政策不會改變。

時　　間：1994年11月27日

結　　果：投票率18.5%，不同意者88.6%

1994年6月台灣環保聯盟發起罷免擁核立委運動。台北縣立委罷免案成立，訂於當年11月27日舉辦罷免案投票。在台灣環保聯盟建議下，台北縣縣長尤清決定與罷免案投票同時舉辦北縣核四公投。投票事務由北縣環保局負責，其流程與選舉投票相同；而台電仍以沒有法源依據為由沒有參與。投票結果：投票率約18.5%，不同意興建核四者89%。這次投票是大區域的投票，除了貢寮鄉與鄰近鄉鎮，以及三重市以外，投票率皆不高。這顯示民眾對核四的關心程度是與距離核四的遠近有關；而三重市可能是因為支持民進黨的民眾較多的緣故。

時　　間：1996年3月23日

結　　果：投票率58%，不同意者54%

1994年底台北市長選舉時，候選人陳水扁答應台灣環保聯盟若當選市長將舉辦核四公投。12月3日陳當選後，即積極籌畫核四公投。後來以「試辦市民投票」的名義，於1996年3月23日與總統、副總統的選舉投票同時舉辦。投票事務由北市民政局負責，核四辯論會由環保局負責，其流程與選舉投票相同；而台電依然以無法源依據為由沒有配合提供興建核四的理由，或參與辯論會。投票結果，投票率58%，不同意者54%。此結果由於投票率高，相當正確地呈現出台北地區的反核民意。

議　　題：汐止鎮大同路二段312巷遠東社區開闢立體地下道案

時　　間：1995年3月29日

結　　果：投票率不及二成，同意者超過95%

汐止鎮大同路二段312巷的遠東社區，社區中央空地為都市計畫道路，鎮公所計畫從社區中央開發一條地下道穿越鐵路，打通鐵軌橫阻造成的交通瓶頸。該地下道開闢後，兩旁留下窄道無法停車，連消防車也無法進入社區救火，社區居民因而強烈反對該計畫，並採取一連串抗爭行動。鎮長廖學廣便於1995年3月29日舉辦鎮民投票，希望以大多數鎮民的民意來消除遠東社區的反對聲浪。汐止公民投票中，設計「同意」與「不同意」的票，以笑臉和哭臉來表示，預設立場鮮明。投票結果：投票率不及兩成，同意者超過95%。該案因廖學廣鎮長離開而不了了之。

時　　間：1995年6月18日

結　　果：投票率8.4%（5765/68746），贊成者84.4%，反對者14.8%

位於高雄縣大寮鄉的高屏溪義和段河川新生地，高雄縣政府擬加以開發，興建住宅，但該處位於水源水質水量保護區，高雄地區環保團體表示反對，引發爭議，高雄縣政府遂於1995年6月18日在大寮鄉舉辦公民投票。投票結果：投票率不及一成。該開發案至今停擺。

雖然沒有「創制複決法」或「公民投票法」的依據，但是舉辦單位皆會制訂投票辦法，其辦法是與選舉辦法一樣，包括投票人名冊、選舉公報、投票通知單、公辦政見會、投票、開票、計票、監票流程等皆與選舉相同。

五輕和核四公投都是在環境影響評估通過，政府決定要進行該計畫之後才舉行的。這是堅決反對該計畫之民眾，在行政程序已經沒有著力點之後，訴諸人民主權的體制外自力救濟行為，或者說是，讓全體相關人民對該計畫作最後的審判。公投贏的話，也許能夠改變政府的計畫；公投輸的話，也和沒有公投的情況一樣。

後勁五輕、貢寮核四、北市核四公投票率都高於50%，前二者是因為該地區關心該議題已久，且範圍較小，居民動員容易，所以雖非選舉時期亦能有半數以上的投票率。北市人口多，範圍廣，但因與總統選舉同時舉辦，所以也有半數以上的投票率。北縣公投因與罷免立委同時舉辦，罷免立委本來投票率就非常低，自然呈現不到二成的投票率。汐止鎮的投票率亦低於兩成，高雄縣大寮鄉的投票率更低於一成，可見，若非與競爭激烈的選舉同時投票，沒有直接受到影響的地區的民眾對公投並不重視。

公民投票制度是歐美民主社會中人民行使公民權的一種普遍的方式。雖然台灣的公民投票法或創制複決法尚未立法，而缺乏完善的執行規範和法律效力，但經由環保議題，台灣自1990年以來，已經舉辦過六次的公民投票。其執行方式按照人民所熟悉的選舉辦法，並無窒礙難行之處。雖然公投結果對政府政策無實質的影響力，但對台灣的民主政治的推動和人民權利的爭取則頗有成就。隨著人民環境意識和主權意識的提升，公民投票制度之建立將是擋不住的潮流。